L'edificio attualmente denominato Palazzo Prospero Rendella fu costruito nel XVI secolo dall'Università di Monopoli per alloggiare la guarnigione spagnola di stanza nella città, la popolazione viveva infatti un notevole disagio perché costretta ad ospitare i soldati spagnoli nelle proprie abitazioni. Per dare spazio all'imponente edificio, fu evidentemente necessario abbattere alcune strutture già esistenti come la chiesa e le vicine botteghe, già gravemente danneggiate durante l'assedio spagnolo del 1529.

Nel 1954 nel corso di lavori pubblici fu individuata un'antica cripta rupestre caratterizzata dalla presenza di affreschi medievali, si decise di effettuare lo strappo dell'affresco raffigurante una Madonna con Bambino (restaurata nel 1997 dal gruppo Incontri Monopolitani di Medicina) attualmente conservato al piano terra del Palazzo P. Rendella. L'opera è di esecuzione locale ed è caratterizzato dalla presenza di fiori da baco da seta nella mano sinistra del bambino e da una serie piccoli devoti e committenti.

Nel 1990-91 la Soprintendenza Archeologica della regione Puglia, in occasione del restauro dell'edificio cinquecentesco, realizzò delle indagini archeologiche portando alla luce i resti di un'antica chiesa attribuita dagli storici locali a S. Clemente, realizzato in parte in muratura, in parte ricavato nella roccia di base, probabilmente perché nella costruzione dell'edificio subdiale si voleva inglobare una preesistente cripta rupestre. All'esterno del muro della chiesa medievale è stato individuato il sepolcreto ad esso appartenente, utilizzato per un lungo periodo di tempo.

Inoltre nel luglio del 1999 l’esplorazione dell’area venne ripresa, furono rintracciate in questa occasione le fondazioni di diverse fortificazioni medievali e il costone roccioso riferibile all’antico porto-canale, insabbiato nel 1049 dai Normanni. I lavori di restauro e la sistemazione dell'area archeologica sono stati diretti dall'ing. A. Napoletano, con l'alta sorveglianza del dott. G. Matichecchia, mentre lo scavo archeologico è stato diretto dalla dott.ssa M. Carrieri.